公司处理员工因身体问题不能胜任工作的行为，需严格依据《劳动合同法》和《企业职工患病或非因工负伤医疗期规定》。根据《中华人民共和国劳动合同法》（2012修正）第四十条，劳动者患病或非因工负伤，医疗期满后不能从事原工作也不能从事另行安排的工作的，用人单位可提前30日书面通知或支付1个月工资后解除合同。《企业职工患病或非因工负伤医疗期规定》第三条明确，医疗期根据员工实际工作年限和本单位工作年限确定（如实际工作10年以下、本单位5年以下为3个月）。结合问题，若员工因身体问题不能胜任工作，公司需先确认医疗期是否届满：医疗期内不得解除合同；医疗期满后需先调岗，仍不能胜任的才可依法解除，否则构成违法解除，需按《劳动合同法》第八十七条支付二倍经济补偿金。
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公司处理员工因身体问题不能胜任工作时，可能面临以下法律风险：1.违法解除的经济赔偿风险：若公司未按法定程序（如医疗期内解除、未调岗直接解除）处理，员工可申请劳动仲裁要求继续履行合同或支付二倍经济补偿金。例如：员工因心脏病需休3个月医疗期，公司在第2个月以“不能胜任”解除合同，员工申请仲裁后，公司需支付二倍经济补偿金（假设员工工作3年，经济补偿金为3个月工资，赔偿金则为6个月工资）。2.病假工资支付不足的风险：若公司未按规定支付医疗期内的病假工资（如低于当地最低工资标准的80%），员工可要求补足差额。例如：某地最低工资标准为2000元，公司仅支付员工1000元病假工资，员工可申请仲裁要求补足600元（2000×80%-1000）。
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针对公司员工因身体问题不能胜任当前工作的情况，需结合法律规定和实际情形处理。公司需先判断员工身体问题是否处于医疗期，再依法采取调岗、培训或解除合同等措施。1.若员工仍在医疗期内：公司不得因“不能胜任工作”解除劳动合同，需按规定支付病假工资，保障员工医疗期权益。2.若医疗期满后不能从事原工作：公司需先为员工另行安排与其身体状况匹配的岗位；若员工仍不能胜任新岗位，可提前30日书面通知或支付1个月工资后解除劳动合同，并支付经济补偿金。3.若员工未进入医疗期但因身体问题直接不能胜任工作：公司需先对员工进行岗位培训或调整工作岗位；经培训或调岗后仍不能胜任的，可依法解除劳动合同并支付经济补偿金。
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公司处理员工因身体问题不能胜任工作时，需注意以下特殊情况对处理结果的影响：1.员工身体问题属工伤：若员工身体问题是因工作原因导致的工伤，需先按《工伤保险条例》处理，享受工伤医疗待遇和停工留薪期，此时公司不得因“不能胜任”解除合同，需待停工留薪期满后，根据劳动能力鉴定结果安排适当岗位，否则构成违法。2.劳动合同有特殊约定：若劳动合同中约定“员工因身体问题不能胜任工作时，公司可直接解除合同”，该约定因违反《劳动合同法》第四十条的法定程序而无效，公司仍需按法定流程处理，否则需承担违法解除责任。3.员工处于孕期哺乳期：若员工因孕期反应等身体问题不能胜任工作，公司不得解除合同，需优先调岗至适合孕期的岗位，保障女职工特殊权益，否则违反《女职工劳动保护特别规定》。

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