员工主动离职遭公司不批准时，若存在以下特殊情形，离职处理会受影响：
1、签过服务期协议：员工入职时与公司签订服务期协议且公司提供专项培训费用的，服务期内主动离职（即使提前通知），需按协议支付违约金，数额不超培训费用及未履行服务期分摊部分。此时员工离职不仅要提前通知，还可能承担违约赔偿责任。
2、涉密或保密岗位：从事涉密岗位或签保密/竞业限制协议的员工，主动离职除提前通知外，还需严格遵守保密义务和竞业限制约定。若违反约定（如泄露商业秘密或竞业期到竞争单位工作），公司有权索赔经济损失，离职后行为受限，处理更复杂。
3、医疗期/孕产哺期等特殊时期：员工在这些时期主动离职的权利未被剥夺，但公司可能挽留或设障碍。员工需注意自身权益保障（如医疗报销、生育津贴），离职手续及权益衔接要格外留意，避免损失。
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员工主动离职遭公司不批准时，可能存在法律风险点，影响合法权益：
1、工资结算风险：未依法提前通知擅自离职，公司或因未交接工作拖延/克扣工资。例如小李突然离职未交接致项目延误，公司拒付当月工资，小李虽可仲裁追讨，但需耗时耗力，还可能因证据不足面临风险。
2、离职证明开具风险：公司可能因不满员工离职拒开解除劳动合同证明。根据《劳动合同法》，用人单位需在解除/终止劳动合同时出具证明，拒不出具会影响员工入职新单位（新单位通常需离职证明办入职及社保转移）。比如小张离职后公司拒开证明，导致无法入职新公司，造成经济损失和职业阻碍。
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关于员工主动离职公司不批准的问题，可依据《中华人民共和国劳动合同法》明确员工权利：
第三十七条规定：“劳动者提前三十日以书面形式通知用人单位，可以解除劳动合同。劳动者在试用期内提前三日通知用人单位，可以解除劳动合同。”此条款赋予员工主动离职权，且该权利行使无需公司批准。只要员工按规定时间（试用期提前三日、非试用期提前三十日）以书面形式通知，通知期满劳动关系即解除。因此，无论公司是否批准，员工履行上述通知义务后有权离职。
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员工主动离职遭公司不批准时，有权依法解除劳动合同，无需公司批准：
试用期员工：提前三日通知公司即可解除，通知形式可书面或口头，为避免争议，建议书面通知并保留证据。
非试用期员工：提前三十日以书面形式（辞职信、邮件等能证明申请的形式）通知公司即可解除。
若公司存在未提供劳动保护/条件、未及时足额支付报酬、未缴社保等违法情形，员工可随时解除劳动合同，无需提前通知，且可要求公司支付经济补偿。

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